明治维新运动后十二年，日本迎来了新时代。曾经叱咤风云的刽子手绯村剑心如今已成为和平主义者，与朋友们一起在东京过着平静的生活。一天晚上，剑心最喜欢的餐厅遭到炮火袭击，只留下一张写着“人诛”的字条——有人准备替天行道，审判之日近在眼前。此人名为雪代缘，对剑心怀恨在心，带着一众手下前来复仇。目睹无数无辜之人被牵扯进这场残酷的斗争，剑心终将面临一场审判，并由此找到对过去的救赎。

二十年前，大巫祭率暗黑一族侵袭人族，战神张赤炎不惜牺牲自己唤醒战神剑，才得以击退暗黑族。而今，黑暗力量再次苏醒，大巫祭蠢蠢欲动，为阻止这场浩劫，战神之子张珂、云柃、福喜踏上再次唤醒战神剑的旅程，云柃与

春秋时代。吴国著名铸剑大师干将潜心于提升剑的工艺价值，历尽艰辛凝铁成钢。在铸剑的同时，干将看到的已不是利剑，而是血泊中的灵魂。干将的好友要离狂歌讽政引起吴王阖闾的不快，残杀其全家。